Männchen der Nacktschwanzbeutelratte erreichen eine Kopfrumpflänge von 25,5 bis 29,8 cm, haben einen 30,2 bis 38 cm langen Schwanz, 44 bis 51 mm lange Hinterfüße, 35 bis 40 mm lange Ohren und erreichen ein Gewicht von 330 bis 480 g. Weibchen bleiben mit einer Kopfrumpflänge von 24 bis 29 cm, einem 32,6 bis 37 cm langen Schwanz und einem Gewicht von 260 bis 410 g kleiner. Ihre Hinterfüße erreichen eine Länge von 41 bis 46 mm und die Ohren sind 35 bis 41 mm lang. Die Nacktschwanzbeutelratte ist damit etwas größer als die Temminck-Nacktschwanzbeutelratte, der zweiten Art der Nacktschwanzbeutelratten. Die äußerlich sehr ähnlichen Arten können vor allem anhand ihrer Schädelmorphologie unterschieden werden. Große, ältere Männchen beider Arten entwickeln einen zweiteiligen aus einem rechten und linken Abschnitt bestehenden Scheitelkamm. Beide Teile des Scheitelkamms sind bei der Nacktschwanzbeutelratte auf ihrer ganzen Länge getrennt, während sie bei der Temminck-Nacktschwanzbeutelratte auf dem Hinterschädel zusammenlaufen. Das Rostrum (die Schnauze) ist bei der Nacktschwanzbeutelratte weniger kräftig entwickelt und die Jochbeinbögen sind weniger abgerundet als bei der Temminck-Nacktschwanzbeutelratte. Die Gaumenfenster sind bei der Nacktschwanzbeutelratte länger und breiter als bei M. myosuros. Nacktschwanzbeutelratten sind die größten Beutelratten deren Weibchen keine Beutel haben, sondern nur einen haarlosen Brutfleck mit neun Zitzen, je vier an den Seiten und eine mittige. Schädelgröße und Schädelform sind bei Männchen und Weibchen verschieden.
