Balaenoptera bertae est une espèce éteinte et fossile de baleines à fanons du genre Balaenoptera qui a vécu au Pliocène supérieur (Plaisancien), soit il y a environ entre 3,600 et 2,58 millions d'années. Elle a été découverte avec d'autres restes de cétacés dans la formation géologique de Purisima de la région de la baie de San Francisco,.
Son épithète spécifique, bertae, lui a été donnée en l'honneur d’Annalisa Berta (d) de l'université d'État de San Diego, pour sa contribution à l'étude des cétacés et pinnipèdes fossiles.
Sa longueur totale est estimée entre 5 et 6 mètres, ce qui en fait l'un des plus petits du genre Balaenoptera, encore plus petit que le Petit rorqual moderne.
Balaneoptera bertae n'est connu que par un fossile de crâne partiel contenant un maxillaire et un prémaxillaire.
