흑기줄전갱이는 이름에 걸맞게 옆줄을 기점으로 등쪽은 어두운 색을 하고 있는 물고기이다. 배의 아랫쪽은 흰색을 띄고 측선이 되는 옆줄은 갈색을 띄고 있다. 눈이 매우 크고 잘 발달된 기름눈까풀이 존재하며 입이 작은 것이 특징이다. 또한 지느러미는 대부분 갈색을 띄고 있으며 등지느러미는 2개인데 제1등지느러미는 갈색이 아닌 황색을 띈다. 양턱에는 작은 이빨들이 산재하며 흰색을 띄는 배쪽에 검은색의 무늬를 가지고 있고 꼬리지느러미에는 토막지느러미가 있다. 먹이로는 멸치, 청어와 같은 작은물고기, 플랑크톤, 요각류, 갑각류를 섭이하는 육식성어류에 속한다.
