Mustapehmeäkilpikonna (Apalone spinifera atra) on piikkipehmeäkilpikonnan (Apalone spinifera) äärimmäisen uhanalainen alalaji. Se luetaan toisinaan omaksi lajikseen.
Mustapehmeäkilpikonna elää Meksikossa makeassa vedessä. Pehmeäkilpikonnat ovat saaneet nimensä kilvestään, joka on pehmeä ja joustava varsinkin eläimen kylkien kohdalla. Naaraat kasvavat paljon suuremmiksi kuin koiraat. Mustapehmeäkilpikonnia suojellaan luonnonsuojelualueella Cuatrociénegasin laaksossa Meksikon Coahuilassa.
