Gulmaskad dvärgtyrann numera delas vanligen in i fyra underarter:
Vissa urskiljer underarterna minimus och cumanensis tillsammans som den egna arten coopmansdvärgtyrann.
Taxonet flavidifrons fördes tidigare till arten, men behandlas numera antingen som en del av perudvärgtyrannen (Z. viridiflavus) alternativt urskiljs som egen art, lojadvärgtyrann.