Brun flugskvätta är en liten sydhake med gråbrun ovansida och ljus undersida. Stjärten är mörk med tydligt vitt på yttre stjärtpennorna. Karakteristiskt är beteendet att vippa stjärten från sida till sida. Hona svarthuvad sydhake liknar brun flugskvätta men har mörkare vingar med ljusa vingpaneler. Hona guldvisslare är mycket större och knubbigare, med tjock näbb och gult på nedre delen av buken.
Brun flugskvätta delas in i fyra underarter med följande utbredning:
Brun flugskvätta hittas i öppet skogslandskap. Där ses den vanligen i par, sittande synligt på trädstrumpar eller stolpar. Liksom andra sydhakar gör den utfall mot byten på marken.
Arten har ett stort utbredningsområde, men tros minska i antal, dock inte tillräckligt kraftigt för att den ska betraktas som hotad. Internationella naturvårdsunionen IUCN listar arten som livskraftig (LC).
