Fläckig todityrann är en mycket liten tyrann med stort huvud och en platt, båtformad näbb. Fjäderdräkten är gul med grått huvud och tunna svarta streck. Sången består av en jämn serie med höga tjippande toner, vanligen övergående i tvåstaviga ljud: "peet, peet, peet-it, peet-it, peet-it...".
Fläckig todityrann delas in i fem underarter med följande utbredning: