Svartkronad batis delas in i två underarter med följande utbredning:
Tidigare behandlades den som en underart till sotkronad batis (B. minor).
Arten har ett stort utbredningsområde, men tros minska i antal, dock inte tillräckligt kraftigt för att den ska betraktas som hotad. Internationella naturvårdsunionen IUCN listar arten som livskraftig (LC).